|
|
Vyhledávání kódujících úseků pomocí analýzy DNA spektrogramu
Spíchalová, Barbora ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním kódujících úseků pomocí analýzy DNA spektrogramu. V teoretické části jsou popsány numerické reprezentace genomických dat, možnosti úprav sekvencí DNA a charakteristika metod pro vyhledávání kódujících úseků. Nejpoužívanější metodou pro zpracování DNA je diskrétní Fourierova transformace, díky které jsme schopni v sekvenci vyhledávat požadované úseky. Dále je uveden teoretický postup pro vytvoření spektrogramu a výčet vzorů z něj detekovatelných. Nabyté teoretické znalosti nám slouží k praktické realizaci konkrétních metod v programovém prostředí MATLAB. Vytvořili jsme program pro detekci kódujících úseků ze spektrogramu a nalezení jejich přesných pozic v sekvenci. Námi dosažené výsledky jsou v závěru porovnány s databází NCBI.
|
|
|
Techniky pro získávání dat v genomice
Jaša, Petr ; Křivka, Zbyněk (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Tato práce si v první řadě klade za cíl představit některé běžné techniky pro získávání dat v genomice a v další řadě naimplementovat vlastní algoritmus vycházející z originální verze algoritmu BLAST jako zástupce zmíněných technik. Práce se konkrétně zaměřuje na DNA sekvence, které v sobě uchovávají genetickou informaci, jež je předlohou živých organismů. Pro rozluštění této informace se používá řada technik. Tento text popisuje algoritmus Fasta a algoritmy rodiny BLAST. Pomocí těchto algoritmů je možné získat o sekvencích DNA, u kterých je známá pouze jejich primární struktura, mnoho důležitých informací. Princip algoritmů spočívá v zarovnání jedné vzorové sekvence DNA, ze které chceme získat informace, s mnoha sekvencemi uloženými v databázi. Ze zarovnání je pak možné u vzorové sekvence, na základě míry její podobnosti se sekvencemi databáze, stanovit s určitou pravděpodobností mnoho různých vlastností.
|
|
|
Fraktál v sekvenci DNA
Nedvěd, Jiří ; Čech, Petr (oponent) ; Valla, Martin (vedoucí práce)
Práce se zabývá hledáním fraktální struktury v sekvenci DNA, která bude vykreslena ve čtverci ACGT. Na počátku jsou rozebrány fraktály obecně a důkladně je probrána konstrukce Sierpinského trojúhelníku deterministickou metodou a metodou chaos game. Následuje kapitola, kde je přiblížena struktura a sekvence DNA. Jsou zde také uvedeny již známé fraktální struktury nacházející se v DNA sekvenci, nebo se jí bezprostředně týká. Dále je uvedena úprava metody chaos game ze Sierpinského trojúhelníku na čtverec ACGT, a do něj bude vykreslena mapa dané sekvence DNA. Do čtverce ACGT se následně vykreslí vybrané sekvence DNA. Obrázky sekvencí se dále zpracují metodami BCM a PSM.
|
|
|
Phylogeography of temperate plant species with the focus on Central Europe
Daneck, Hana
Fylogeografie temperátních rostlinných druhů se zaměřením na střední Evropu Hana Daneck Univerzita Karlova v Praze Přírodovědecká fakulta Katedra botaniky Školitel: Prof. RNDr. Karol Marhold, CSc. Konzultant: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D. Praha 2012 Abstrakt Tato práce přináší příspěvek k objasnění postglaciální historie temperátních rostlinných druhů v Evropě se zaměřením na zvláště zajímavou oblast - střední Evropu, pro kterou byly navrženy různé role v postglaciální historii současné evropské flory. První část práce shrnuje obecné pohledy a metodologické přístupy současné fylogeografie s ohledem na vývoj rozšíření druhů po poslední ledové době v Evropě. Diskutovány jsou i nejdůležitější aspekty fylogeografie evropských temperátních druhů. Druhá část se skládá ze tří souvisejících odborných článků, které se zabývají vybranými evropskými temperátními rostlinnými druhy, pro které byly sestaveny fylogeografické modely v celém rozsahu jejich součastného geografického areálu. Zvláštní zřetel byl věnován určení původu středoevropských populací a porovnání fylogeografie těchto druhů s dalšími dříve zveřejněnými studiemi, které byly zaměřeny na území Evropy.
|
|
|
Techniky pro získávání dat v genomice
Jaša, Petr ; Křivka, Zbyněk (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Tato práce si v první řadě klade za cíl představit některé běžné techniky pro získávání dat v genomice a v další řadě naimplementovat vlastní algoritmus vycházející z originální verze algoritmu BLAST jako zástupce zmíněných technik. Práce se konkrétně zaměřuje na DNA sekvence, které v sobě uchovávají genetickou informaci, jež je předlohou živých organismů. Pro rozluštění této informace se používá řada technik. Tento text popisuje algoritmus Fasta a algoritmy rodiny BLAST. Pomocí těchto algoritmů je možné získat o sekvencích DNA, u kterých je známá pouze jejich primární struktura, mnoho důležitých informací. Princip algoritmů spočívá v zarovnání jedné vzorové sekvence DNA, ze které chceme získat informace, s mnoha sekvencemi uloženými v databázi. Ze zarovnání je pak možné u vzorové sekvence, na základě míry její podobnosti se sekvencemi databáze, stanovit s určitou pravděpodobností mnoho různých vlastností.
|
|
|
Mitogenomická fylogeografie a adaptivní evoluce norníka rudého Clethrionomys glareolus
Filipi, Karolína ; Kotlík, Petr (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Práce je součástí projektu sekvenování genomu a transkriptomu norníka rudého (Clethrionomys glareolus). Význam selekce v evoluci mitochondriální DNA (mtDNA) je předmětem časté diskuse; zatímco některé studie nenašly důkazy, že by selekce významně ovlivnila fylogeografii studovaných druhů, jiné studie naopak adaptivní evoluci mtDNA přikládají velký význam. Norník rudý je hlavním modelem, na kterém studujeme adaptaci na klimatické změny. Jako v případě jiných druhů byla dosud fylogeografie norníka hodnocena na základě variability malé části mtDNA. Cílem mé práce ale bylo osekvenovat celou kódující část mitochondriálního genomu zástupců hlavních linií mtDNA norníka s využitím Sangerovy metody a technologie Illumina, a na příkladu tohoto druhu zhodnotit význam selekce a adaptace v evoluci a fylogeografii. Ačkoli adaptivní evoluce v mtDNA patrně nehrála klíčovou roli při postglaciální kolonizaci Evropy, známky adaptace v mtDNA norníka nalézt můžeme - identifikovala jsem záměnu aminokyseliny s možným funkčním významem a některé populace nacházející se na okrajích areálu rozšíření (severním a jižním) vykazují signifikantní změny fyzikálně-chemických vlastností proteinů kódovaných v mtDNA. Klíčová slova: adaptace, molekulární evoluce, populační genetika, sekvence DNA, mitochondriální DNA, mtDNA, cDNA,...
|
|
|
Phylogeography of temperate plant species with the focus on Central Europe
Daneck, Hana
Fylogeografie temperátních rostlinných druhů se zaměřením na střední Evropu Hana Daneck Univerzita Karlova v Praze Přírodovědecká fakulta Katedra botaniky Školitel: Prof. RNDr. Karol Marhold, CSc. Konzultant: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D. Praha 2012 Abstrakt Tato práce přináší příspěvek k objasnění postglaciální historie temperátních rostlinných druhů v Evropě se zaměřením na zvláště zajímavou oblast - střední Evropu, pro kterou byly navrženy různé role v postglaciální historii současné evropské flory. První část práce shrnuje obecné pohledy a metodologické přístupy současné fylogeografie s ohledem na vývoj rozšíření druhů po poslední ledové době v Evropě. Diskutovány jsou i nejdůležitější aspekty fylogeografie evropských temperátních druhů. Druhá část se skládá ze tří souvisejících odborných článků, které se zabývají vybranými evropskými temperátními rostlinnými druhy, pro které byly sestaveny fylogeografické modely v celém rozsahu jejich součastného geografického areálu. Zvláštní zřetel byl věnován určení původu středoevropských populací a porovnání fylogeografie těchto druhů s dalšími dříve zveřejněnými studiemi, které byly zaměřeny na území Evropy.
|
|
|
Phylogeography of temperate plant species with the focus on Central Europe
Daneck, Hana ; Marhold, Karol (vedoucí práce) ; Štech, Milan (oponent) ; Tremetsberger, Karin (oponent)
Phylogeography of temperate plant species with the focus on Central Europe Ph.D. Thesis Hana Daneck Charles University Prague Faculty of Science Department of Botany Supervisor: Prof. RNDr. Karol Marhold, CSc. Consultant: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D. Praha 2012 2 Souhrn Tato práce přináší příspěvek k objasnění postglaciální historie temperátních rostlinných druhů v Evropě se zaměřením na zvláště zajímavou oblast - střední Evropu, pro kterou byly navrženy různé role v postglaciální historii současné evropské flory. První část práce shrnuje obecné pohledy a metodologické přístupy současné fylogeografie s ohledem na vývoj rozšíření druhů po poslední ledové době v Evropě. Diskutovány jsou i nejdůležitější aspekty fylogeografie evropských temperátních druhů. Druhá část se skládá ze tří souvisejících odborných článků, které se zabývají vybranými evropskými temperátními rostlinnými druhy, pro které byly sestaveny fylogeografické modely v celém rozsahu jejich součastného geografického areálu. Zvláštní zřetel byl věnován určení původu středoevropských populací a porovnání fylogeografie těchto druhů s dalšími dříve zveřejněnými studiemi, které byly zaměřeny na území Evropy. Článek 1: Phylogeographic pattern of the European forest grass species Hordelymus europaeus: cpDNA evidence. [Fylogeografická studie evropské temperátní...
|
|
|
Vyhledávání kódujících úseků pomocí analýzy DNA spektrogramu
Spíchalová, Barbora ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním kódujících úseků pomocí analýzy DNA spektrogramu. V teoretické části jsou popsány numerické reprezentace genomických dat, možnosti úprav sekvencí DNA a charakteristika metod pro vyhledávání kódujících úseků. Nejpoužívanější metodou pro zpracování DNA je diskrétní Fourierova transformace, díky které jsme schopni v sekvenci vyhledávat požadované úseky. Dále je uveden teoretický postup pro vytvoření spektrogramu a výčet vzorů z něj detekovatelných. Nabyté teoretické znalosti nám slouží k praktické realizaci konkrétních metod v programovém prostředí MATLAB. Vytvořili jsme program pro detekci kódujících úseků ze spektrogramu a nalezení jejich přesných pozic v sekvenci. Námi dosažené výsledky jsou v závěru porovnány s databází NCBI.
|
|
|
Fraktál v sekvenci DNA
Nedvěd, Jiří ; Čech, Petr (oponent) ; Valla, Martin (vedoucí práce)
Práce se zabývá hledáním fraktální struktury v sekvenci DNA, která bude vykreslena ve čtverci ACGT. Na počátku jsou rozebrány fraktály obecně a důkladně je probrána konstrukce Sierpinského trojúhelníku deterministickou metodou a metodou chaos game. Následuje kapitola, kde je přiblížena struktura a sekvence DNA. Jsou zde také uvedeny již známé fraktální struktury nacházející se v DNA sekvenci, nebo se jí bezprostředně týká. Dále je uvedena úprava metody chaos game ze Sierpinského trojúhelníku na čtverec ACGT, a do něj bude vykreslena mapa dané sekvence DNA. Do čtverce ACGT se následně vykreslí vybrané sekvence DNA. Obrázky sekvencí se dále zpracují metodami BCM a PSM.
|
host ::
RSS.